1962年9月26日，福建省哲学社会科学学会联合会筹备委员会在福州成立。著名经济学家、厦门大学校长王亚南教授当选社联筹委会主任，卢叨、郑奇方、傅家麟、金树荣为副主任，郑奇方兼任秘书长。

1966年至1977年，因文化大革命，社联和学会均停止了活动。

1978年7月20日，经省委批准，省社联及其所属学会召开恢复活动大会，并选举产生了福建省社联第一届委员会，推选副省长张格心为主任，明祖凡、陆维特、傅家麟、黄寿祺为副主任，单曙光为秘书长。成立了办事机构社联办公室，副秘书长沈静主持日常工作。

为了加强社联工作，更好指导、协调、组织学术社团的工作和活动，1984年7月，社联正式定为厅级机构，设立党组，省委宣传部副部长杨华基兼任党组书记，杨华基、方晓丘、林子东、吕良弼、潘伯庭、明祖凡、陆维特、傅家麟、黄寿祺为副主任，周立方为秘书长。党组成员由方晓丘、林子东组成。林子东主持工作。

1986年7月11日，省社联第二次代表大会召开，选举产生了第二届社联理事会，同时决定更名为福建省社会科学联合会，简称福建省社科联。省委常委、宣传部长何少川为社科联主席，杨华基、吕良弼、潘伯庭、吴宣恭、李洪林、陈征为副主席，周立方为秘书长，叶光辉为副秘书长。省委宣传部副部长杨华基兼任党组书记，吕良弼、潘伯庭、周立方为党组成员，吕良弼主持社科联日常工作。

1991年1月29日，省社科联第三次代表大会召开，选举产生了第三届理事会，省委常委、宣传部长何少川为主席，吕良弼、蒋夷牧、潘心雄、王洛林、陈一琴、郑学檬、高世煜、叶品樵、董承耕为副主席，潘心雄为秘书长。党组由吕良弼任党组书记，蒋夷牧、潘心雄为党组成员。1993年，潘心雄调离社科联，补选杨泗德为社科联副主席兼任秘书长。

1995年7月13日，省社科联第四次代表大会召开，选举产生了第四届理事会，省委常委、宣传部长赵学敏为主席，吕良弼，杨泗德、王碧秀、郑学檬、陈一琴、林述舜、严正、吴吕和、杨益生、陈孔德为副主席，周源清为秘书长。党组由吕良弼任党组书记，杨泗德、王碧秀、周源清为党组成员。本届代表大会还决定省社科联更名为福建省社会科学界联合会，仍简称福建省社科联。

1998年9月27日，省社科联召开四届六次理事扩大会，根据省委意见，对领导班子进行了调整（因赵学敏调任福州市市委书记，党组成员有2位超龄），选举省委宣传部副部长陈俊杰为省社科联主席，增选马照南为副主席，省委任命王碧秀为党组副书记并主持工作。2000年8月因党组成员、秘书长周源清退休，补选谢孝荣为秘书长。党组成员由王碧秀、马照南、谢孝荣组成。

2001年9月17日-18日，省社科联第五次代表大会召开，选举产生了第五届委员会。在省社科联五届一次全会上，选举省委宣传部副部长陈俊杰为主席，王碧秀、马照南、冯潮华、吕良弼、朱崇实、杨益生、李建平、严正、陈海基、林述舜、薛卫民为副主席，谢孝荣为秘书长。王碧秀任党组书记，马照南、冯潮华、谢孝荣为党组成员。

2005年12月，马照南同志调任省委宣传部副部长，不再担任省社科联党组成员。

2006年11月，陈必滔同志调任省社科联党组副书记，提名为副主席候选人。

2007年6月，省委任命陈必滔同志为省社科联党组书记，林兵武同志为省社科联党组成员。

2007年12月25日-26日，省社科联第六次代表大会召开，选举产生了第六届委员会。在省社科联六届一次全会上，选举省委常委、宣传部长唐国忠为主席，陈必滔、冯潮华、（以下为兼职，按姓氏笔画排序）王碧秀、邓本元、李建平、吴玉辉、吴世农、陈俊杰、陈笃彬、郑传芳、蔡德奇、潘征、鞠维强为副主席，谢孝荣为秘书长。

2009年5月20日，省社科联召开第六届委员会常务委员会议，同意增补谢孝荣同志为省社科联副主席，林兵武同志为秘书长。

2011年10月，陈必滔同志调任省广电局党组书记、局长，不再担任省社科联领导职务。省社科联工作由冯潮华同志主持。

2012年2月，谢孝荣同志不再担任省社科联领导职务，退休。

2013年3月，省委任命冯潮华同志为省社科联党组书记。

2013年11月，省委任命缪建萍同志为省社科联党组成员，提名为副主席候选人。

2014年9月26日—27日，省社科联第七次代表大会召开，选举产生了第七届委员会。在省社科联第七届委员会第一次全体会议上，选举产生了省社科联第七届委员会主席、副主席和秘书长。省委常委、宣传部长李书磊当选为主席，冯潮华、缪建萍、（以下为兼职，按姓氏笔画排序）李建发、吴国盛、陆开锦、陈雄、陈永正、陈祥健、林文生、郑传芳、黄汉升、鞠维强当选为副主席，林兵武为秘书长。

2015年11月，省委任命陈文章同志为省社科联党组成员，提名为副主席候选人。

2016年3月12日，省社科联召开第七届委员会常务委员会议，同意增补陈文章同志为省社科联副主席。

2016年6月27日，省社科联七届三次全委会召开。会议选举省委常委、宣传部长高翔担任省社科联第七届委员会主席。

2017年5月，省委组织部、省委宣传部任命游炎灿同志为省社科联党组成员，提名为秘书长候选人，林兵武同志调离省社科联。

2017年5月，省委任命林蔚芬同志为省社科联党组书记，提名为副主席候选人。冯潮华同志调省人大常委会工作，不再担任省社科联领导职务。

2017年7月，省社科联召开第七届委员会常务委员会议，同意增补林蔚芬同志为第七届委员会委员、常务委员、副主席，游炎灿同志为第七届委员会委员、常务委员、秘书长。

2018年1月，缪建萍同志不再担任省社科联领导职务，退休。

2018年6月，省社科联召开第七届委员会常务委员会议，会议选举省委常委、宣传部长梁建勇担任省社科联第七届委员会主席。

2018年6月，省委任命王秀丽同志为省社科联党组成员，提名为副主席候选人。

2018年7月，省社科联召开第七届委员会常务委员会议，同意增补王秀丽同志为省社科联副主席。

2019年1月，游炎灿同志不再担任省社科联领导职务，调离省社科联。

2019年6月，省委组织部、省委宣传部任命陈飞同志为省社科联党组成员，提名为秘书长候选人。

2019年9月，省社科联召开第七届委员会常务委员会议，同意增补陈飞同志为省社科联秘书长。

2020年3月，省委任命邢善萍同志为省社科联主席候选人。

2020年11月，省社科联召开第七届常务委员会会议，选举邢善萍同志为省社科联主席。

2021年10月，省委任命张彦同志为省社科联主席候选人。

2021年12月，省社科联第七届常务委员会会议选举张彦同志为省社科联主席。

2022年5月，省委任命郑东育同志为省社科联党组成员；免去王秀丽同志省社科联党组成员职务，保留原职级待遇。

2022年6月24日，省社科联第八次代表大会在福州召开，选举产生了第八届委员会。在省社科联第八届委员会第一次全体会议上，选举产生了省社科联第八届委员会主席、副主席和秘书长，省委常委、宣传部部长张彦当选为省社科联主席，林蔚芬、陈文章、郑东育、（以下为兼职，按姓氏笔画为序）王建南、吴剑平、陈国龙、陈祥健、林文生、林向东、林和平、金敏、郭国云、徐进功、黄建清、潘玉腾当选为省社科联副主席，陈飞当选为省社科联秘书长。

2023年3月，王秀丽同志退休。

2023年4月，省委组织部任命洪金镖同志为省社科联党组成员，提名为秘书长人选。

2023年5月，省社科联第八届常务委员会第二次会议增补叶燊同志为省社科联第八届委员会副主席，洪金镖同志为省社科联第八届委员会秘书长。因工作变动，林向东、林和平不再兼任省社科联副主席。

2024年2月，省社科联第八届常务委员会第三次会议增补林长远、宋建晓两位同志为省社科联第八届委员会副主席。因工作变动，陈祥健同志不再兼任省社科联副主席。